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  조류인플루엔자는 조류인플루엔자 바이러스 감염에 의하여 닭·오리·칠면조 등 가금류와 야생조류에서 발생하며 병원성 정도에 따라 저병원성과 고병원성 조류인플루엔자로 구분된다. 고병원성 조류인플루엔자는 야생조류의 저병원성 바이러스가 닭이나 오리 등과 같은 가금류로 전파되어 축사 내에서 바이러스 증폭이 이루어져 저병원성 바이러스가 고병원성 바이러스가 되어 피해를 유발하게 된다. 고병원성은 H단백질 중간에 아미노산이 첨가돼 있으며, 가금류에 감염되면 폐뿐만 아니라 뇌 등 모든 장기에 바이러스가 증식할 수 있어서 많은 양의 바이러스가 배출이 된다. 가금류에서 고병원성 조류인플루엔자를 일으키는 AI바이러스는 H5또는 H7 형에 속하는 것이며 우리나라에서 발생된 것은 H5N1, H5N8, H5N6 3가지로 모두 H5형이다.

  공장식 축산은 가축전염병의 발생과 확산에 연관되어 있다. 첫째, 밀집사육 환경으로 인한 면역력 저하와 바이러스 증폭을 일으킨다. 닭 한 마리 당 사육면적은 A4용지 면적 0.06㎡ 보다 작은 0.04㎡(20cm×20cm)이다. H5N8가 우리나라에서 재조합된 것이 단적인 증거이다.  둘째, 가금류 사육규모의 대규모화이다. 산란계 농장들이 최근 현대화 시설로 6-20만 마리 이상으로 대규모화되었으며 AI 발생도 이들 큰 농장에서 대부분 발생하였고 그 결과 피해 규모도 커지게 되었다. 셋째, 수직계열화에 따른 축산농가의 밀집과 물류이동에 따른 물리적 확산 원인을 제공하게 된다는 점이다.

  EU는 1986년 산란계의 과도한 밀집사육을 금지하는 지침을 제정하였으며 2001년에 동물복지 정책을 시행하면서 2012년부터 산란계 케이지 사육을 금지하였다. EU의 동물복지정책은 AI에 대한 피해를 원천적으로 예방하는 효과를 가져와 2013년 AI 발생건수가 스웨덴 1건, 영국 3건에 불과하였다. 우리나라에서도 동물복지 인증을 받은 축산농장은 89곳 가운데 단 1곳만이 피해를 입었다. 동물복지정책이 우선되기 위해서는 살처분 위주의 단순한 방역장책에서 백신도입을 통한 종합적인 방역정책으로 전환되어야 한다. 이를 위해서는 기존의 중앙정부 독점적인 방역체계에서 중앙정부-지방정부-대학-축산농가-시민사회 등이 거버넌스를 구축하여 예찰과 대응을 하는 것이 필요하다.